自1997年起，水鳥普查的次數增至全年每月一次，日期的選擇原則依舊。一般而言，「適當的潮汐」是指后海灣潮水的高度足以把水鳥帶至接近泥灘上的觀鳥屋前或潮漲棲息地如基圍和魚塘的合適觀察距離。

一月份的調查更會配合全國性或國際性普查的時間進行，例如中國沿海水鳥同步調查和由濕地國際協調的亞洲水鳥調查。

在潮間帶泥灘進行水鳥點算會較在基圍或魚塘進行點算更受日間潮汐高度影響。最適合進行調查的潮水高度是在2米或以上，因水鳥會於此時較接近浮橋觀鳥亭。不過，冬季的日間潮水高度較少超過2米。故此，水鳥調查應於接近高潮時進行點算，而非以潮水高度作開始時間，而點算時間越短，同步調查結果越準確。綜合各區快速點算雀鳥所需的時間後，每月水鳥調查定於當天高潮前三小時開始。

自05至06年冬季起，除了於漲潮時進行的每月水鳥調查，每年十二月至翌年二月亦會於低潮時在后海灣A至E區進行水鳥調查。低潮時進行的點算主要提供越冬鴨類和鷗類的補充資料。於高潮時，鴨類或會散佈於四周河道，而鷗類則會在海面上載浮載沉，使牠們難於被點算。但於低潮時，牠們常一起於泥灘覓食，令點算較容易進行。所以，對於部份水鳥來說，即使在低潮時點算會距離觀察點較遠，仍會較漲潮時的點算更為準確。

如某種水鳥在每月水鳥普查日前後一星期內，於其他調查或觀察的數字比每月水鳥普查當日更高，該較高的數字會被採納為該水鳥的當月數字。另外，在天上飛行的鸕鶿數量眾多，難以準確點算，所以在隆冬時(十二月至二月)，后海灣的鸕鶿總數會以傍晚群棲的點算為準。然而，牠們的數目仍需於每月水鳥普查中記錄，以提供生境使用的資料。

研究方法

十多位調查員每月在拉姆薩爾濕地及附近指定地區進行同步普查，他們都是有經驗或曾受訓練的普查員，在普查期間，普查員會盡量數算每種水鳥在各地區的確實數量。

除此以外，普查員會在指定統計範圍，包括魚塘、基圍和溪流，收集不同的生態資料，例如植物幅蓋度、水的高度、泥土露出水面的面積等。長遠來說，這些資料有助評估影響水鳥數量的因素，倘若這些是有利的因素，那麼可以將之套用於后海灣濕地，從而增加水鳥的數量。

水鳥普查是一項有系性的統計，每個月進行一次。除此之外，本會在后海灣進行了另外兩項水鳥普查：(1)統計鷺鳥在后海灣的數量，以評估牠們的數量和繁殖的成功率；(2)涉禽統計，在春/秋二季過境遷徙期間定期進行，主要統計在后海灣潮間帶地區內涉食的鳥類數量。